Udover at myndighederne har adgang til de offentlige tilgængelige miljødata, er der også en særlig adgang for myndighederne til forvaltningsrelaterede data og fagsystemer. Adgang til systemerne tildeles gennem brugerstyringssystemet.
Hvis en myndighed ønsker at få adgang til brugerstyringssystemet på Danmarks Miljøportal, skal den indgå en juridisk bindende brugeradministrationsaftale. Eksterne konsulenter og leverandører kan kun få adgang til systemerne via en myndighed, som opretter dem som brugere.